二水國民中學創校起於二水鄉耆宿謝東閔前副總統於1960年擬設私立初中，至1961年呂世明縣長推動「一鄉鎮一初中」，熱心教育人士乃磋商將私立之議改為爭取縣立初中，爰於1961年7月奉准籌設，並由陳東榮先生擔任籌備主任，8月俸令暫隸田中初中，暫借源泉國小教室上課，招新生四班共兩百名；同年12月奉准設立為「彰化縣立二水初級中學」，由陳東榮先生擔任首任校長。 1962年春，師生遷入現今校址之新建校舍上課；創校伊始全靠初中時期師生胼胝墾闢，將此一草木叢生的僻壤岡陵開闢為綠階層落的校園。1968年實施九年國教，改制為「彰化縣立二水國民中學」，同年八月由劉明照先生接任校長。
二水國民中學創校60年迄今已孕育出初中7屆、國中51屆的畢業生。校內建物也從早期的折版式建築校舍，2011年將篤行樓拆除重建，2014年初嶄新的教學大樓竣工；2015年將致知樓拆除，2016年底國際學校竣工；屋齡40年的營養午餐廚房閒置建物，也在2018年改建為多功能教室，還有同年整修的籃球場都成為師生學習休閒的場所。 二水國民中學以「在地情懷、全球視野」作為教育遠景，進行在地遊學、戶外教育、食農教育、國際教育等特色課程，曾榮獲教育部活化空間與親子天下百大特色學校以及農委會食農教育優選；2016-2020年來分別有馬來西亞永平中學童軍團、非洲肯亞學生、日本長野縣小谷中學校、北海道津別中學校等來訪進行交流課程，二水國民中學亦多次組團到日本小谷中學校及津別中學校進行交流課程。